La Amazonía alberga el bosque húmedo tropical más grande de la tierra y en él habitan 300 especies de anfibios (Duellman 2005). De ellas, 147 están distribuídas en la Amazonía ecuatoriana (Ron et al. en prensa) y 95 en el Yasuní, en varias localidades a lo largo de la carretera Pompeya-Iro. El bosque húmedo tropical amazónico ecuatoriano ocupa un área de 73909 km2, equivalente al 30% de superficie del Ecuador. Circunscrito a altitudes bajo 600 m, es la región biogeográfica más extensa (ver mapa de las regiones biogeográficas).

Antes de considerar los patrones de distribución en la Amazonía, es importante distinguir entre la diversidad regional (gama) y la diversidad local (alfa). La diversidad regional hace referencia a la riqueza de especies en toda una región geográfica (por ejemplo, toda la Amazonía). La diversidad local (alfa) hace referencia a la riqueza de especies en un solo lugar (por ejemplo, la ciudad de Nueva Loja). La diversidad gama es un agregado de diversidades alfa.

El bosque tropical amazónico es la segunda región biogeográfica más gama-diversa del Ecuador (ver figura riqueza de especies por regiones biogeográficas). Una regla ecogeográfica ampliamente aceptada predice que la riqueza de especies aumenta con el área (es decir, si la región A tiene una superficie mayor que la región B, se esperaría que A tenga una mayor riqueza de especies). Dado que el bosque tropical amazónico es la región más extensa, se esperaría que tenga la mayor riqueza de especies. Esta predicción no se cumple ya que la región con la mayor riqueza de especies (el bosque montano de oriente, 156 especies) tiene menos de la mitad de la superficie del bosque tropical amazónico. La inconsistencia se debe a que las especies de anfibios de la Amazonía tienden a tener distribuciones amplias y un bajo endemismo. En los Andes, por otro lado, los rangos de distribución son menos extensos por lo que a menudo localidades geográficamente muy cercanas pueden tener comunidades de anfibios que comparten pocas especies. Muestra de ello es que el número de especies de anfibios de distribución restringida es cuatro veces mayor en el bosque montano de oriente que en el bosque tropical amazónico (ver gráfico).

El Yasuní comparte una alta proporción de especies con otras localidades amazónicas. Por ejemplo, casi cuatro de cada cinco especies del Yasuní también está en Santa Cecilia (localidad 100 km al NO, en Ecuador, Provincia de Sucumbíos) mientras que casi una de cada dos está en Cusco Amazónico (1500 km al sur, en la Amazonía Peruana; Ron 2000). Análisis cladísticos de la distribución de anuros entre bosques húmedos tropicales del Neotrópico muestran que las faunas de localidades en la alta Amazonía (es decir, cercanas a los Andes) son más afines entre sí que lo que son con localidades en la Amazonía central u oriental (ver figura; Ron 2000).

La región amazónica del Ecuador ostenta el récord de diversidad alfa (en una sola localidad) del mundo. En Santa Cecilia, un área de aproximadamente 3 km2 de bosque húmedo tropical, se registraron 86 especies de ranas. Los muestreos se llevaron a cabo a finales de los años 1960s (Duellman 1978). Desafortunadamente, el bosque de Santa Cecilia fue talado en los 1970s lo cuál acarreó una consecuente disminución en la diversidad de anfibios. Pocas localidades en la amazonía han sido muestreadas tan exhaustivamente como Santa Cecilia.

Las comparaciones de diversidad alfa entre localidades pueden ser ilusorias si no se hacen a la misma escala geográfica. Para que las riquezas de especies sean confrontables tienen que provenir de áreas iguales y con un esfuerzo de captura similar. El total de especies de ranas registradas en el Yasuní (91) es mayor que el de Santa Cecilia. Sin embargo, dado que las áreas muestreadas en el Yasuní fueron mayores, no se puede concluir que Santa Cecilia tenga una riqueza menor. Una comparación más apropiada sería con una de las localidades del Yasuní, la Estación Científica de la Universidad Católica, cuyos muestreos cubrieron un área comparable a la de Santa Cecilia. El total de especies reportadas de esta localidad es 71 (13 menos que en Santa Cecilia). Otra localidad amazónica dónde se han hecho inventarios intensivos de la fauna de anfibios, en un área relativamente reducida es Cusco Amazónico. En esta localidad se han registrado 63 especies de ranas (Duellman 2005). Comparativamente, las búsquedas en el Yasuní ha sido menos exhaustivas que las de Santa Cecilia o Cusco Amazónico.